L’OREME a choisi de parler d’ODK à l’occasion de son vingtième « apéro technique ».
J’y étais invité pour présenter la solution. Pierre Balzergue (G-EAU), Amélie Fargevieille (CEFE), et Bruno Bonté (G-EAU) ont quant à eux présenté 3 cas d’utilisation très différents (suivi d’impact des inondations, suivi de piézomètres en Algérie, suivie nichoir de mésanges charbonnières et mésanges bleues).
Voici le diaporama réalisé pour l’occasion :
Voilà un mois que j’ai eu la chance de participer au sommet ODK organisé à Londres grâce au soutien de la Fondation Bill & Melinda Gates.
J’étais très excité, impressionné et je dois l’avouer un petit peu stressé à l’idée de rencontrer d’autres utilisateurs assidus de la solution, ainsi que l’équipe de développement.
Excité car voila 8 ans que j’utilise la solution au CEN Occitanie, 6 ans que je suis actif au sein de la communauté ODK , que je m’y implique bénévolement (traduction, forum, réunion du TAB), et que j’y côtoie et apprécie de nombreuses personnes. J’allais pouvoir les rencontrer « en vrai », discuter avec elles, échanger.
Impressionné pour les mêmes raisons et aussi par les structures représentées et les échelles auxquelles elles utilisent ODK dans tant de domaines différents.
Un peu stressé enfin car le sommet se tenait en anglais… que je lis et écris sans trop de difficulté mais écouter et parler ne sont pas lire et écrire. Ma pratique orale de l’anglais se limite au réunions mensuelles du TAB et aux séries en VO…
Merci donc à Aurelio et Tino pour l’immersion progressive le soir de notre arrivée 😉
Merci à toutes et tous pour votre indulgence, votre bonne humeur et nos échanges.
Merci à Hélène L. et Hélène M. pour les discussions off en français… Vous avez sauvé de la surchauffe une partie de mes neurones 🙂
Merci à Gareth, Florian et Andrew pour vos retours d’expériences sur la [vege|mar]mite 
Merci bien sûr à l’équipe de nous avoir concocté un tel programme.
Les discussions furent à l’image de ce qu’elles sont sur le forum : riches, ouvertes, concrètes, attentives.
Ce fut vraiment passionnant de découvrir les différents cas d’utilisation présentés par des institutions de divers domaines : santé, accès aux soins, lutte contre la malnutrition, cartographie d’urgence, lutte contre la pollution plastique, santé vétérinaire, qualité de l’air, maintenance d’installations industrielles, cartographie de sentiers de randonnée…
La présentation de la feuille de route d’ODK et le focus sur les entités ont permis à tous les participants de pouvoir discuter ensuite en ayant le même niveau d’information et la même perspective.
De par leur étendue et le nombre de personnes impliquées, certains cas d’utilisation et « workflowshttps://docs.google.com/document/d/1o2D2DkvpEc-jDf8b5J7CNsNi1O2jl9NUswaWj1DdwgI/edit#heading=h.o6sqsrylu36r » sont sans commune mesure avec ce que nous faisons à notre « petite » échelle régionale en écologie. Tous sont très inspirants, instructifs et motivants.
Au delà de ma motivation à participer plus encore à cette communauté et à promouvoir ODK, ces 3 jours m’ont donné envie de continuer à pratiquer l’anglais pour pouvoir plus facilement discuter avec tous et mieux saisir les détails des discussions. Je vais donc certainement retourner dépenser ce qu’il me reste de CPF au French American Center de Montpellier qui m’avait aidé l’an dernier à préparer mon arrivée au sein du TAB.
3 jours c’est long mais c’est court aussi quand on veut prendre le temps de discuter avec tout le monde. Ce que je n’ai pas pu faire. Donc si une prochaine occasion se présente j’espère avoir le temps de discuter avec Dan avec Kevin ainsi qu’avec les membres de l’équipe de GetODK qui nous aident tant dans nos missions quotidiennes.
La synthèse publiée par l’équipe reflète la richesse de nos échanges et la complémentarité de nos usages divers d’ODK.
Nous avons eu des discussions passionnantes sur de nombreux sujets : les entités, les aspects « géo » et « carto », les bonnes pratiques, leur partage au plus grand nombre, la formation, les sciences citoyennes…
De nombreuses discussions qui nous concernaient finalement tous, que nous travaillions dans le domaine de la conservation de la nature, de la santé ou de l’industrie. Ces différences nous ont permis de sortir de ces moments d’échange avec des objectifs et des expressions de besoins les plus étayées possibles dont l’équipe va s’emparer.
Enfin un dernier merci pour le post-it de remerciements à mon attention sur l’un des panneaux de brainstorming.
https://github.com/mathieubossaert/pl-pyodk
Un nouvel ensemble de fonction pour récupérer automatiquement les données de vos formulaires ODK dans votre base de données #PostgreSQL.
Ce nouvel ensemble de fonctions utilise pyODK (https://github.com/getodk/pyodk) dans des fonctions pl/python et permet l’utilisation de filtres (ex les données envoyées il y a moins de 48h).
Le principe est le même qu’avec Central2PG, une tâche planifiée interroge à la fréquence voulue le serveur ODK Central.
Lors du premier appel les tables qui accueilleront les données sont créées dans la base de destination et sont remplie.
Lors des appels suivants, si de nouvelles questions ont été ajoutées au formulaire, les colonnes correspondantes sont ajoutées aux tables, et les nouvelles données intégrées.
Vous trouverez dans ce dépôt un exemple complet :
– une image docker (de test) d’un serveur PostgreSQL avec les fonctions
– un formulaire ODK vierge
– les instructions pour récupérer les données dans PostgreSQL
– les instructions pour créer une tâche planifiée
– les instructions pour afficher les afficher dans QGIS)
Comme pour l’article de Florian Mayer publié sur le forum d’ODK, il est question ici de suivi de tortues,
mais en France et sur une espèce d’eau douce, la Cistude d’Europe, Emys Orbicularis.
Même si la tortue Caouanne fait son retour sur nos plages de méditerranée, un suivi tel que celui mis en place en Australie n’est pas encore nécessaire 😉
Pour suivre le populations de cistude, les collègues posent les pièges le premier jours de la semaine, qu’ils relèvent les 3 jours suivants.
Les individus capturés sont marqués (s’ils ne le sont pas déjà) et mesurés. L’ensemble des information est actuellement noté sur une fiche papier.
Au cours du printemps 2022, Vivian Millet, en stage de formation Idgéo a developpé un formulaire dédié à ce protocole.
Au cours des discussions avec les collègues en charge du terrain, ils nous ont expliqué que les pièges changent de place toutes les semaines, et qu’un suivi plus fin de leur emplacement serait utile.
Jusqu’à maintenant, le numéro du piège était reporté sur la fiche de capture. Et les pièges localisés à la main sur une carte.
Nous avons proposé de gérer ce référentiel de pièges dans ODK, et de mettre à jour la liste des pièges mobilisables dans le formualire de capture quand ils sont déplacés.
Nous avons donc développé un formualire dédié à la pose des pièges.
Une fois ce formualire fonctionnel, nous avons voulu adapter ce test et le rendre aussi automatique que possible.
L’idée générale est la suivante :
C’est parti !
Nous avons donc développé deux formulaires :
Toutes les requêtes SQL présentées ci-dessous sont executées dans notre base de données "métier". Rien n’est exécuté dans la BDD de Central à laquelle nous ne touchons jamais.
Nous utilisons une tâche cron (tous les jours à 22h) qui exécute les requêtes suivantes :
Nous utilisons pour cela les fonctions de central2pg, placées dans le schéma _data_fromcentral schema pour récupéréer les données relatives aux pièges :
SELECT data_from_central.data_from_central_to_pg(
'my_login','my_password','my.central.fdqn',5,
'CMR_Cistude_pose_pieges', -- form ID
'data_from_central', -- schema where to create tables and store data
'point,point_auto' -- columns to ignore in json transformation to database attributes (geojson fields of GeoWidgets)
);Nous avons créé une vue appelée _cmr_cistude_pose_pieges_sessioncourante qui retourne seulement les pièges posés lors de la dernière sessions (max(date)).
Le resultat de cette vue est copié dans un fichier geojson, dans un endroit accessible en écriture à l’utilisateur postgres. (commande COPY TO…)
Pour le moment, cette requête est executée même s’il n’y a pas de nouveau piège.
Ce geojson est ensuite utilisé par le formualire de capture pour proposer à la personne qui capture les cistudes de choisir le piège visité sur une carte :
-> https://docs.getodk.org/form-question-types/#select-one-from-map-widget
COPY (
WITH places AS (
SELECT id_piege, label, value, geometry
FROM data_from_central.cmr_cistude_pose_pieges_session_courante
)
SELECT
json_build_object(
'type', 'FeatureCollection',
'features', json_agg(ST_AsGeoJSON(t.*)::json)
)
FROM places AS t
) to '/home/postgres/medias_odk/pieges.geojson';Nous utilisons un numéro de version de formulaire que nous avons souhaité "porteur d’information".
Il est composé de l’année sur 4 caractères à laquelle nous concaténons le numéro du jour dans l’année (DOY) sur 3 caractères (complété par des 0 à gauche).
concat(extract(YEAR FROM date_max),lpad(extract(DOY FROM date_max)::text,3,’0′))
Nous comparons ensuite la version courante du formulaire avec son "hypothétique" nouvelle version.
Si cette dernière est plus grande que l’actuelle, nous créons un brouillon de formulaire.
Pour cela et pour les autres étapes, nous avons ajouté de nouvelles fonctions à la bibliothèque "central2pg"..
SELECT data_from_central.create_draft('my_login','my_password','my.central.fdqn',5,'CMR_Cistude_captures')
FROM data_from_central.cmr_cistude_pose_pieges_session_courante
WHERE concat(extract(YEAR FROM date_max),lpad(extract(doy FROM date_max)::text,3,'0')) > data_from_central.get_form_version('my_login','my_password','my.central.fdqn',5,'CMR_Cistude_captures')
LIMIT 1;Une fois le brouillon créé, nous poussons le geojson comme pièce jointe à ce brouillon.
SELECT data_from_central.push_media_to_central('my_login','my_password','my.central.fdqn',5,'CMR_Cistude_captures', '/home/postgres/medias_odk', 'pieges.geojson')
FROM data_from_central.cmr_cistude_pose_pieges_session_courante
WHERE concat(extract(YEAR FROM date_max),lpad(extract(doy FROM date_max)::text,3,'0'))::integer > data_from_central.get_form_version('my_login','my_password','my.central.fdqn',5,'CMR_Cistude_captures')::integer
LIMIT 1;Et nous publions la nouvelle version 😉
SELECT data_from_central.publish_form_version('my_login','my_password','my.central.fdqn',5,
'CMR_Cistude_captures', concat(extract(YEAR FROM date_max),lpad(extract(doy FROM date_max)::text,3,'0'))::integer )
FROM data_from_central.cmr_cistude_pose_pieges_session_courante
WHERE concat(extract(YEAR FROM date_max),lpad(extract(doy FROM date_max)::text,3,'0')) > data_from_central.get_form_version('my_login','my_password','my.central.fdqn',5,'CMR_Cistude_captures')
LIMIT 1;
Présentation du SI du Cen Occitanie et de son évolution
Merci à Natural Solutions pour l’organisation de ce webinaire !
Le second épisode, à lire sur Geotribu entre dans le détail de notre formulaire généraliste :
https://static.geotribu.fr/articles/2021/2021-06-22_odk_postgis_2/
Premier article d’une série de 3 sur Geotribu, consacrée à l’utilisation d’ODK avec PostGIS.
Merci à l’équipe pour l’accueil, les conseils, la relecture et les outils mis en place pour la publication.
https://static.geotribu.fr/articles/2021/2021-06-08_odk_postgis_1/
Suite aux discussions sur le formualire « 2020 » une série d’améliorations ont été apportées au formulaire « Sicen ». Le détail est à voir ici (en anglais) :
Et c’est la version 14 de TAXREF qui est intégrée et que vous retrouverez dans les listes.
Voici donc un tutoriel, sous forme de captures d’écrans, allant de la configuration d’ODK Collect à la fin de la saisie d’une donnée dans le formualire.
Avant de commencer, un (tout petit) peu de contexte technique.
ODK a remplacé le serveur Aggregate par un serveur plus moderne appelé Central. Cela est transparent pour vous mais entraîne quelques changements dans l’usage que vous faites de Collect. La mise à jour des formulaires sur votre téléphone est désormais automatique, tout comme l’envoi des données finalisées au serveur.
Pour ce qui concerne les géomaticiens, Central nous permet de gérer des groupes d’utilisateurs qui accèdent à différents formulaires (Bénévoles, prestataires, partenaires…).
Enfin, un des gros avantages de Central réside dans le fait que les formulaires réalisés pour vos téléphones sont aussi diffusés sous la forme de formulaires web (grâce à Enketo), utilisables eux aussi en mode déconnecté.
Nous pouvons donc désormais utiliser ODK pour lancer des enquêtes web participatives, ou des sondages relatifs à un évènement particulier, en remplacement des framaforms et autres limesurvey.
Depuis le « playstore » d’Android ou depuis le fichier .apk mis à disposition sur le site du projet : https://github.com/getodk/collect/releases/latest
Tout d’abord, la connexion au serveur de formulaires (nommé Central) se fait par le scan d’un QRcode qui vous a été ou vous sera fourni
Une fois le code scanné, votre application est configurée et interroge le serveur pour savoir quels formulaires sont disponibles, et les télécharge.
Il nous faut maintenant renseigner les données d’identification qui permettront de vous faire connaitre une fois pour toutes dans les différents formulaires et de vous attribuer correctement vos données.
→ Veillez à renseigner l’adresse mail en minuscules.
De retour sur l’écran des paramètres, vous pourrez modifier :
Vous êtes maintenant prêts à saisir votre premier formulaire.
ODKCollect est configuré pour proposer systématiquement les dernières versions des formulaires disponibles sur le serveur.
Sur la page d’accueil de l’application, cliquons sur Remplir un formulaire
Choisissons Sicen
Les 3 premiers écrans vous présentent le paramétrage de l’application. A la première utilisation, les fonctionnalités seront toutes activées par défaut. Libre à vous de désactiver celles qui vous semblent provisoirement ou définitivement inutiles.
A l’utilisation suivante, chacune des fonctionnalité sera proposée dans l’état d’activation ou elle était lors de votre dernière utilisation. Vous pourrez là encore valider ou modifier chacun de ce choix.
Les fonctionnalités désactivées ici seront masquées pendant votre utilisation du formulaire.
Les champs sont remplis par défaut avec les valeurs saisies dans les paramètres généraux de l’application (voir début de ce tutoriel)
La dernière question vous permet de choisir le nombre de caractères à saisir dans le recherche des espèces avant de déclencher l’interrogation du référentiel. 3 est le minimum, 7 le maximum (pour permettre l’utilisation du « code taxon » par exemple « ERI RUB »)
Une fois les paramétrages vérifiés et ou modifiés vous pouvez
A terme nous aimerions générer dynamiquement et régulièrement cette liste d’études pour ne faire apparaître que les études en cours et pourquoi pas que celles qui concernent l’utilisateur de l’application
Ici aussi, nous devrions pouvoir limiter la liste des protocoles selon l’étude choisie ou l’utilisateur de l’application.
Une fois ces paramètres de « session » renseignés, nous pouvons commencer la saisie de données proprement dite.
Il s’agira d’un point, d’une ligne ou d’un polygone.
Le GPS peux vous aider à dessiner automatiquement lignes et contours, que vous pouvez aussi dessiner à la main sur l’écran.
Une fois l’emplacement créé, nous allons pouvoir y créer autant d’observation que nous le souhaitons, de chacun des types d’observations autorisés dans les paramétrages du formulaire. Screenshot_2021-03-15-16-20-591080×1920 124 KB
Commençons par une espèce végétale. Vous pouvez saisir le nom de l’espèce ou son « code » composé des 3 lettres du genre suivies d’un espace et des 3 lettre de l’espèce (ex. ERI RUB).
D’abord les taxons de rangs supérieurs puis les espèces et sous espèces.
On peut aussi utiliser un code espèce compose ds 3 premières lettres du Genre et des 3 premières de l’espèce et le cas échéant des 3 premières de la sous-espèce :
Pour clarifier la collecte de données d’absence, nous avons ajouté une question explicite :Si le taxon n’a pas été vu, c’est qu’il était recherché et absent. Dans ce cas les questions relatives à la saisie de l’effectif ne seront pas affichée.
Mais si l’espèce a été observée, les écrans suivant (ou leurs homologues pour la Faune sont affichés)
Ici pour les espèces végétales il s’agit d’un effectif par classes d’abondance
Notez que l’observation pourra être retrouvée dans la navigation du formulaire, avec l’heure de l’emplacement et l’espèce observée.
Cela peut être utile pour les photos de site dans le cas d’observations de type pression/menace
Photos mobilisables dans QGIS par la suite
Si oui on revient à la saisie d’une observation sur l’emplacement courant.
Si non il nous est proposé d’ajouter une nouvelle localité
Si oui on revient à l’ajout d’une localité (point, ligne ou polygone)
Si non, on finalise le formualire en renseignant la présence d’éventuels accompagnateurs
Au fur et à mesure de la saisie, n’hésitez pas à utiliser l’icône de la disquette pour enregistrer le formulaire en cours sur votre téléphone.
L’icône représentant une flèche montrant un point permet de naviguer dans les observations déjà saisie pour les vérifier ou les modifier.
Une fois ceci fait on peut aller au bout du formulaire et le marquer comme finalisé.
Depuis le « playstore » d’Android ou depuis l’APK mise à disposition sur le site du projet :
https://github.com/getodk/collect/releases
Tout d’abord, la connexion au serveur de formulaires (nommé Central) se fait par le scan d’un QRcode qui vous a été fourni
Une fois le code scanné, votre application est configurée et interroge le serveur pour savoir quels formulaires sont disponibles, et les télécharger.
Il nous faut maintenant renseigner les données d’identification qui permettront de vous identifier dans le formulaire, de vous proposer vos lagunes et vos stations de suivis et de vous attribuer vos données dans la base de données.
Attention, l’adresse email doit bien être renseignée en minuscules.
De retour sur l’écran des paramètres, vous pourrez modifier :
Vous êtes maintenant prêts à saisir votre premier formulaire.
C’est parti !
Le premier écran reprend vos informations d’identité, renseignées lors de l’initialisation de l’appareil, et vous présente la date du jour.
L’adresse email doit bien être renseignée en minuscules (attention notamment à la première lettre que les correcteurs ont tendance à mettre en majuscule).
Voulez vous saisir les informations relatives à la météo ?
Si oui on saisira ensuite les mesures effectuées.
Des alertes apparaissent si vous tentez de saisir des valeurs en dehors des plages de valeurs « autorisées »
Pour effacer une réponse, appuyer longtemps dessus :
Une fois renseignées les valeurs pour la station en cours, il vous sera proposé d’ajouter une nouvelle station ou non. Soit vous serez ramené au choix du cadre, soit à la fin du formulaire que vous pourrez finaliser et enregistrer.
En cliquant sur la flèche inclinée en haut de l’écran
Vous pouvez ainsi revenir sur chacun de vos enregistrements
De même tout au long de la session vous pouvez forcer l’enregistrement des données en cours de saisie en cliquant sur la disquette de la barre d’outils.
Les versions récentes d’ODK envoient automatiquement les formulaires finalisés au serveur « Central » quand une connexion est détectée.
Le formulaire « ABC » est destiné aux étudiant du Master IEGB de Montpellier dans le cadre du projet Colibri. Il peut être utilisé pour saisir les observations naturalistes réalisées sur le terrain, que l’on soit connecté ou non.
Il a été développé par un étudiant d’IEGB de 1ere année – Jean Baïsez – en 2019.
Le tutoriel ci-dessous a été rédigé pour un second formulaire, seules les captures d’écran diffèrent. Vous pouvez donc le suivre pas à pas pour le formulaire ABC
Au delà de l’ABC, les données collectées contribueront à la connaissance du CEN L-R et à la mise en oeuvre des ses actions de conservation des espaces naturels et des espèces. Vous porrez collecter des données d’observations naturalistes relatives aux espèces, aux habitats naturels, ainsi que des données de pression sur le milieu et des notes illustrées géoréférencées.
Elles seront également instantanément redistribuées et mises à disposition de l’ensemble des pôles thématiques du SINP :
Ce formulaire utilise l’application ODK Collect.
ODK (Open Data Kit) est une solution libre (opensource) permettant la mise en place de formulaires sur mobile (uniquement pour Android !) et l’intégration des données récoltées par ces formulaires dans une base de données.
Nous allons voir ici comment utiliser l’application puis le fonctionnement du formulaire « ABC ».
Quelques étapes rapides de configuration sont nécessaires pour installer le formulaire sur votre téléphone :
Téléchargez l’application ODK Collect sur le Playstore (recommandé); ou bien téléchargez directement l’APK sur le github du projet (dérouler le sous menu « Assets ».
La dernière version (supérieure ou égale à 1.22 est nécessaire)
Une fois téléchargée, installée et lancée, il vous faudra configurer ODKCollect afin d’avoir accès au formulaire en question.
a) Depuis l’écran d’accueil cliquez sur les 3 points en haut a droite de votre écran
b) sélectionnez » Paramètres administrateur »
c) puis « Importer/Exporter les paramètres »
d) enfin cliquez sur » SCANNER UN CODE DEPUIS UN AUTRE APPAREIL » et scannez le QR Code ci-dessous :
L’application est maintenant correctement configurée pour pouvoir télécharger le formulaire et y envoyer vos données par la suite
e) Vous pouvez maintenant retourner sur la page d’accueil et cliquer sur » Modifier les Paramètres »
f) puis cliquez sur » Identité de l’utilisateur et de l’appareil «
g) pour pouvoir avoir accès aux » Métadonnées du formulaire «
h) Ici il vous faut entrer votre adresse mail (qui servira d’identifiant au moment de saisir les données dans le formulaires) ainsi que vos nom et prénom séparés par un espace (ex: « Baisez Jean ») ; vous pouvez également indiquer l’un des 3 règnes » 1 » pour Animal, » 2 » pour Végétal ou « 3 » pour Champignon; dans » Numéro de téléphone » suivant celui que vous utilisez le plus;
cela permettra une pré-sélection du règne lors de la saisie.
i) Choix du mode de navigation :
Dans l’onglet » Interface utilisateur « , il est possible de choisir comment vous souhaitez naviguer entre les différents écran du formulaires,
j) Choix du moteur cartographique : nous préconisons l’utilisation de Mapbox, plus rapide pour vous géolocaliser, et du fond de carte « Sattelite ».
Maintenant que l’application est configurée, vous pouvez accéder aux formulaires disponibles sur le serveur
k) cliquer sur » Télécharger un formulaire vierge «
l) télécharger le formulaire » ABC » (vous pouvez aussi télécharger le questionnaire de satisfaction, il est très rapide à compléter et me permettra, d’avoir des retours sur le formulaires et d’exploiter les résultats de ce formulaire de statisfaction dans mon rapport de stage et ma soutenance (merci !)
m) cliquer sur » Remplir un formulaire » et sélectionner » ABC «
n) une fois à la fin d’un questionnaire, validez l’écran qui vous propose de le « sauvegarder et de le marquer comme finalisé ». Vous pourrez toujours l’éditer par la suite.
o) quand vous le souhaiterez, si vous avez du réseau (téléphone ou wifi) vous pourrez envoyer le formulaire finalisé pour pouvoir observer vos données en ligne par la suite.
Voila, vous savez à présent vous servir de l’application ODK Collect
* utilisez le bouton « retour arrière » de votre téléphone pour sortir d’une interface clavier
* utilisez le bouton « retour arrière » de votre téléphone pour sortir d’un formulaire
* utilisez la flèche en haut a droite de n’importe quel formulaire pour revenir à n’importe quel endroit du formulaire
* restez appuyez sur une réponse pour pouvoir la supprimer ou supprimer le groupe dans laquelle elle est contenue (groupe = observation ou emplacement)
Le premier chargement du formulaire prendra un peu de temps car l’application doit intégrer les référentiels taxonomiques. Les lancements ultérieurs seront instantanés.
Les questions comportant des * sont des questions obligatoires qui ne peuvent être passées. Si la question ne comporte pas cette * alors vous pouvez passer à l’écran suivant sans même y répondre (ex: prendre une photo n’est pas une question obligatoire vous pouvez l’ignorez totalement)
La localisation se fait sur la carte automatiquement sur votre emplacement (le GPS doit etre activé), cependant il vous est possible de rester appuyez sur un autre endroit de la carte pour changer les coordonnées. Une fois les coordonnées sélectionnées vous pouvez les supprimer avec l’icône de poubelle ou les enregistrer et passer à la suite avec l’icone représentant une disquette.
Rappel : vous pouvez à tout moment cliquer sur les 3 points en haut a droite pour vous rendre dans l’interface utilisateur et changer le fond de carte ; cette fonctionnalité est également disponible si vous cliquez sur le bouton « couche » au dessus de poubelle (mais encore indisponible avec mapbox dans la version 1.22 d’odkCollect).
Les noms latins et vernaculaires sont acceptés dans le champs de recherche d’espèce, cependant certaines espèces sont enregistrées avec leur nom latin uniquement
L’url vous permet de visiter la page de l’espèce sélectionnée sur le site de l’INPN et ainsi pouvoir confirmer ou infirmer votre observation si vous aviez des doutes. Il se peut que l’espèce ait changé de nom ou de code et que la page soit introuvable. Une fois sur le site, appuyez sur le bouton retour de votre téléphone pour revenir au formulaire.
Les photos prisent dans le formulaire seront visibles sur l’interface en ligne Redash.
Une fois la 1ère observation saisie, le formulaire vous demande » Ajouter un nouveau groupe ? » : » Ajouter une observation ? « , si vous cliquer sur » AJOUTER UN GROUPE « , vous pourrez ajoutez une espèce pour les mêmes coordonnées sans avoir besoin de retourner sur la carte. Si vous sélectionner » NE PAS AJOUTER » alors le questionnaire vous re-propose d’ajouter un groupe mais cette fois pour entrer une nouvelle localité.
Par exemple, vous observez 2 espèces sur un même site, vous pouvez sélectionner l’emplacement sur la carte, sélectionner la 1ere espèce puis ajouter une observation pour ajouter la 2nde espèce pour la même localité ; ensuite vous vous déplacez un peu plus loin et observez une 3ème espèce, vous pouvez alors ajouter une nouvelle localité pour ensuite ajouter un groupe « espèce » et saisir votre observation.
Rappel : si vous désirez supprimer un groupe créé par erreur, il vous faut rester appuyez sur une question de ce groupe et sélectionner : » Supprimer le groupe «
Mise à jour du formulaire : il est possible que nous mettions à jour le formulaire, par exemple pour reformuler une question ou en ajouter une nouvelle…
Si c’est le cas, cela sera signalé en vert dans la section « télécharger un formulaire vierge ». Vous pouvez paramétrer l’application pour qu’elle charge automatiquement les nouvelles versions des formulaires.
Vous connaissez maintenant le fonctionnement du formulaire « ABC »
Vos données seront intégrées automatiquement à l’interface web « SICEN« , qui est l’interface utilisée par le CEN.
Le mode d’emploi de l’interface SICEN est disponible sur le site du CEN Centre-Val de Loire ici (ou en vidéos ici). Lors de votre première connexion, il vous faudra faire une demande de nouveau mot de passe. Vous recevrez alors un mail avec un mot de passe généré par l’application : http://cenlr.sicen.fr
Vous avez ici accès à l’ensemble des donénes colelctées par l’équipe du CEN LR, elle n’ont pas vocation à être diffusée par vos soins. Les diffusions exterieures doivent faire l’objet d’une demande auprés de Mathieu Bossaert, qui s’occupe techniquement de cet export.
En parallèle, nous travaillons à la mise en place d’un tableau de bord personnel de vos observations. Cette interface utilise l’outil nommé Redash.
Elle vous permettra de localiser les observations sur une carte et d’accéder à des graphiques statistiques, à des photos (celles prise avec l’application) et et aux détails que vous aurez ajoutés.
Vous pouvez accéder à cette interface en cliquant ici.
Cette interface est encore en développement, à l’heure actuellel les observations de tout-un-chacun sont visibles en même temps sur la carte et ne sont pas dissociables (bien qu’ en cliquant dessus on puisse tout de même savoir qui a fait l’observation).
au cours de l’automne, ce tableau de bord sera personnalisé et offrira à l’observateur la synthèse de ses seules observations.
Il sera en outre possible de trier les observations par taxon, par date, par commune, etc…
Nous avons développé en 2019 un formulaire de terrain plus évolué en tirant profit de manière approfondie des possibilités offertes par Open Data Kit.
Open Data Kit est un outil de création de formulaires de collecte de données sur téléphone, robustes, fonctionnant en mode déconnecté, disposant de tous les types de données dont nous avons besoins (y compris les types géographiques), permettant d’associer aux données des médias collectés depuis le téléphone… Sans développement autre que la transposition de la logique du protocole de collecte dans le standard xlsform !
Ce formulaire de collecte de données naturalistes est assez évolué avec :
Il permet aux collègues qui sont sur le terrain de renseigner des observations d’espèces et d’habitats naturels ainsi que des observations de menaces ou de pressions sur le milieu ou des observations plus générales (photo + typologie + commentaire). Les données saisies sont géolocalisées est exploitable dans notre SIG.
La logique du formulaire est décrite dans le schéma ci-dessous. Plus bas nous vous présentons les captures d’écran correspondant à la saisie d’une observation d’espèce animale.
La structuration des données dans la base de données en rend l’exploitation très aisée (une table principale et des tables « filles » pour chaque boucle).
Vous trouverez ci-dessous une archive zip contenant le formulaire et ses médias afin de le tester sur votre téléphone, ainsi que le rapport de stage de Jean Baïsez qui est à l’origine de nombreuses améliorations présentes dans ce formulaire.
La communauté d’OpenDataKit est très très réactive et de nombreuses discussions autour de ce formulaire et de nos besoins ont été menées sur le forum :
La dernière en date qui a fait l’objet d’un entretien téléphonique avec Callum Stott en novembre et apportera des nouveautés dans la version 1.26 d’odkcollect :
Enfin, une évolution très importante permettra en 2020 (on croise les doigts), à partir du même formulaire xlsform, de disposer à la fois d’un formulaire pour téléphone mais aussi de sa version web (comme le propose enketo) : https://forum.opendatakit.org/t/integration-of-enketo-into-odk-central/13992
Vous trouverez plus d’informations sur la mise en œuvre d’ODK dans votre système d’information ici : https://framagit.org/formationodk/formulaires/-/wikis/home
Avant de démarrer pensez, dans les métadonnées de l’utilisateur, à renseigner le numéro de téléphone avec les valeur 012345678, pour activer la saisie de point, de ligne et de polygones relatifs à l faune, la flore et aux habitats naturels.
Choix de l’action-> remplir un formulaire |
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Choix du formulaire-> sicen_2019 |
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Renseignements sur l’observateur-> si les métadonnées sont correctement remplies dans l’application ODKCollect, ces champs sont alors pré-remplis. Voir le menu « Métadonnées de formulaire » dans les préférences de l’application. |
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Date et heurerenseignées par défaut mais peuvent être modifiées. |
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Choix de l’étude |
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Choix du protocole |
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Localisation de l’observationChoisir le type d’objet géographique que vous souhaitez collecter entre un point, une ligne ou un polygone. Plus d’informations sur les « geo-widgets » disponibles ici : https://docs.opendatakit.org/form-question-types/#location-widgets Cette liste de choix est paramétrable dans les préférences de l’application (métadonnées du formulaire). il faut que le champ « numéro de téléphone », que nous n’utilisons pas par ailleurs contiennent une ou plusieurs valeurs parmi :
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Affichage de la localisation sur la carteAffichage par défaut de l’emplacement calculé par le GPS mais cette localisation peut être déplacée (bouton « jalon ») On valide l’endroit avec l’icone « disquette ». |
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Choix du type d’observationplusieurs observations, de diffrénets types, pourront être réalisées sur l’emplacement précédemment enregistré. Cette liste de choix est paramétrable dans les préférences de l’application (métadonnées du formulaire). il faut que le champ « numéro de téléphone », que nous n’utilisons pas par ailleur contiennent une ou plusieurs valeurs parmi :
Nous détournons ici un champ de métadonnées que nous n’utilisons pas. L’utilité de pouvoir disposer de métadonnées « personnelles » dans l’application est discutée sur le forum.
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Saisie d’une donnée d’espèce animale |
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| A partir de 3 caractères saisis, en police grasse et bleu des taxons de références, en rouges des synonymes (avec mention du taxon de référence). Nous avons fait le choix de n’afficher que les taxons qui commencent par les caractères saisis, mais il est possible d’afficher les taxons qui contiennent ces mêmes caractères : https://docs.opendatakit.org/form-operators-functions/#strings |  |
Choix de l’espèce
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Description de l’observationPour chaque age et pour chaque sexe un effectif pourra être renseigné. Certaines valeurs de listes seront cachées ou affichées selon le groupe taxonomique auquel appartient l’espèce sélectionnée. Par exemple pas de stade œuf pour un mammifère, ni de larve pour un oiseau. |
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Compléments de description
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| Comment l’espèce a-t-elle été déterminée ?
Quel était son comportement ? Les valeurs sont adaptées au groupe taxonomique de l’espèce. Dans notre exemple les « code atlas » puisque nous saisissons une donnée d’oiseau Vous pouvez saisir une remarque générale ainsi qu’une photo. |
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| Ajout d’une nouvelle observation sur la localité en cours ?
Si oui on recommence la boucle ici Si non on passe à l’écran suivant. |
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| Ajout d’une nouvelle localité à la session en cours ?
Si oui on recommence la boucle ici Si non on passe à l’écran suivant. |
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Fin de la sessionOn peut marquer le formulaire comme finalisé. Pour l’envoyer plus tard au serveur. |
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A renseigner dans le menu « Préférences » de l’application Dans ce formulaire nous détournons le numéro de téléphone pour permettre de personnaliser l’application : Selon les chiffres que contiendra le numéro vous activerez différentes possibilités : Le choix de la thématique :
Le choix du type d’objet géographique :
Par défaut définissez le numéro de téléphone à 0123456789 |
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Décliner une méthode ou un protocole de collecte de données dans un formulaire pour téléphone n’est pas une tâche compliquée. Le formulaire présenté ici peut paraitre complexe mais l’apprentissage du xlsform est assez facile.
Les possibilités offertes par Open Data Kit nous permettent de décliner de nombreux protocoles sans devoir développer chaque fois une application. Le staockage des donénes en base est trés logique et facile à interroger.
Redash permet de mettre en place des tableaux de bord web (interfaces de consultation de données) sans faire de développement autre que les requtes SQL sur la base de données alimentée par ODK ;-), ce que nous faisons pour l’instant (voir cet article), ou en interrogeant l’API d’ODK Central, qui remplacera Aggregate dans les prochains mois dans notre SI (ODATA à tester)
A suivre donc !
Écrire dans le système de fichier du serveur, les fichiers stockés sous forme de binaire dans PotgreSQL. La méthode est générique et fonctionne si de nouveaux formulaires sont créés ou si certains sont supprimés.
Write to the server’s file system, files stored as binary in PotgreSQL. The method is generic and works if new forms are created or if some are deleted.
https://github.com/opendatakit/aggregate/issues/164#issuecomment-347390275
https://stackoverflow.com/questions/38900823/postgres-find-all-rows-in-database-tables-matching-criteria-on-a-given-column
Une table liste les objets binaires stockés dans la base de données ODK (toutes les tables dont le nom se termine par « BLB » et ne commence par par un « » (tables système d’Aggregate)
Elle stocke aussi le nom que nous souhaitons donner au fichier (à partir de champs de métadonnées d’Aggregate « _LAST_UPDATE_DATE » et « UNROOTED_FILE_PATH » Et enfin un entier mis à 1 quand le fichier a été généré dans sur le disque
Pour générer les fichiers nous faisons appel à la fonction lo_export
Les fichiers sont créés dans un répertoire sur lequel postgres à le droit d’écrire. Ce répertoire est servi sur le web par un serveur de fichier (minio)
Les téléphones actuels peuvent facilement créer des images de 15 Mo… L’option proposée dans xlsform permettant de réduire la talle des images en définissant un nombre maximum de pixel pour le plus grand côté de l’image sera intéressante : https://docs.opendatakit.org/form-question-types/?highlight=select%20one#scaling-down-images
A table lists the binary objects stored in the ODK database (all tables whose name ends with « BLB » and does not begin with a « » (Aggregate system tables) It also stores the name we want to give to the file (from Aggregate’s « _LAST_UPDATE_DATE » and « UNROOTED_FILE_PATH » metadata fields) And finally an integer set to 1 when the file was generated in on the disk
To generate the files we use the lo_export function
Files are created in a directory on which postgres have the right to write. This directory is served on the web by a file server (minio)
Current phones can easily create 15MB images… The option offered in xlsform to reduce image’s size will be interesting : https://docs.opendatakit.org/form-question-types/?highlight=select%20one#scaling-down-images
Le formulaire « adhérent 2019 » est à destination des naturalistes souhaitant participer à la connaissance du CEN L-R. Il peut être utilisé pour saisir les observations naturalistes réalisées sur le terrain, que l’on soit connecté ou non.
Les données collectées contribueront à la connaissance du CEN L-R et à la mise en oeuvre des ses actions de conservation des espaces naturels et des espèces.
Mais ces données seront également instantanément redistribuées et mises à disposition de l’ensemble des pôles thématiques du SINP :
Ce formulaire utilise l’application ODK Collect.
ODK (Open Data Kit) est une solution libre permettant la mise en place de formulaires sur mobile (uniquement Android !) et l’intégration des données récoltées par ces formulaires dans une base de données.
Nous allons voir ici comment se servir de l’application puis comment fonctionne le formulaire « adhérent 2019 ».
Quelques étapes rapides de configuration sont nécessaires pour installer le formulaire sur votre téléphone :
Téléchargez l’application ODK Collect sur le Playstore (recommandé); ou bien téléchargez directement l’APK sur le github du projet (dérouler le sous menu « Assets ».
La dernière version (supérieure ou égale à 1.22 est nécessaire)
Une fois téléchargée, installée et lancée, il vous faudra configurer ODKCollect afin d’avoir accès au formulaire en question.
a) Depuis l’écran d’accueil cliquez sur les 3 points en haut a droite de votre écran
b) sélectionnez » Paramètres administrateur »
c) puis « Importer/Exporter les paramètres »
d) enfin cliquez sur » SCANNER UN CODE DEPUIS UN AUTRE APPAREIL » et scannez le QR Code ci-dessous :
L’application est maintenant correctement configurée pour pouvoir télécharger le formulaire et y envoyer vos données par la suite
e) Vous pouvez maintenant retourner sur la page d’accueil et cliquer sur » Modifier les Paramètres »
f) puis cliquez sur » Identité de l’utilisateur et de l’appareil «
g) pour pouvoir avoir accès aux » Métadonnées du formulaire «
h) Ici il vous faut entrer votre adresse mail (qui servira d’identifiant au moment de saisir les données dans le formulaires) ainsi que vos nom et prénom séparés par un espace (ex: « Baisez Jean ») ; vous pouvez également indiquer l’un des 3 règnes » 1 » pour Animal, » 2 » pour Végétal ou « 3 » pour Champignon; dans » Numéro de téléphone » suivant celui que vous utilisez le plus;
cela permettra une pré-sélection du règne lors de la saisie.
i) Choix du mode de navigation :
Dans l’onglet » Interface utilisateur « , il est possible de choisir comment vous souhaitez naviguer entre les différents écran du formulaires,
j) Choix du moteur cartographique : nous préconisons l’utilisation de Mapbox, plus rapide pour vous géolocaliser, et du fond de carte « Sattelite ».
Maintenant que l’application est configurée, vous pouvez accéder aux formulaires disponibles sur le serveur
k) cliquer sur » Télécharger un formulaire vierge «
l) télécharger le formulaire » adhérent_2019 » (vous pouvez aussi télécharger le questionnaire de satisfaction, il est très rapide à compléter et me permettra, d’avoir des retours sur le formulaires et d’exploiter les résultats de ce formulaire de statisfaction dans mon rapport de stage et ma soutenance (merci !)
m) cliquer sur » Remplir un formulaire » et sélectionner » adhérent_2019 «
n) une fois à la fin d’un questionnaire, validez l’écran qui vous propose de le « sauvegarder et de le marquer comme finalisé ». Vous pourrez toujours l’éditer par la suite.
o) quand vous le souhaiterez, si vous avez du réseau (téléphone ou wifi) vous pourrez envoyer le formulaire finalisé pour pouvoir observer vos données en ligne par la suite.
Voila, vous savez à présent vous servir de l’application ODK Collect
* utilisez le bouton « retour arrière » de votre téléphone pour sortir d’une interface clavier
* utilisez le bouton « retour arrière » de votre téléphone pour sortir d’un formulaire
* utilisez la flèche en haut a droite de n’importe quel formulaire pour revenir à n’importe quel endroit du formulaire
* restez appuyez sur une réponse pour pouvoir la supprimer ou supprimer le groupe dans laquelle elle est contenue (groupe = observation ou emplacement)
Le premier chargement du formulaire prendra un peu de temps car l’application doit intégrer les référentiels taxonomiques. Les lancements ultérieurs seront instantanés.
Les questions comportant des * sont des questions obligatoires qui ne peuvent être passées. Si la question ne comporte pas cette * alors vous pouvez passer à l’écran suivant sans même y répondre (ex: prendre une photo n’est pas une question obligatoire vous pouvez l’ignorez totalement)
La localisation se fait sur la carte automatiquement sur votre emplacement (le GPS doit etre activé), cependant il vous est possible de rester appuyez sur un autre endroit de la carte pour changer les coordonnées. Une fois les coordonnées sélectionnées vous pouvez les supprimer avec l’icône de poubelle ou les enregistrer et passer à la suite avec l’icone représentant une disquette.
Rappel : vous pouvez à tout moment cliquer sur les 3 points en haut a droite pour vous rendre dans l’interface utilisateur et changer le fond de carte ; cette fonctionnalité est également disponible si vous cliquez sur le bouton « couche » au dessus de poubelle (mais encore indisponible avec mapbox dans la version 1.22 d’odkCollect).
Les noms latins et vernaculaires sont acceptés dans le champs de recherche d’espèce, cependant certaines espèces sont enregistrées avec leur nom latin uniquement
L’url vous permet de visiter la page de l’espèce sélectionnée sur le site de l’INPN et ainsi pouvoir confirmer ou infirmer votre observation si vous aviez des doutes. Il se peut que l’espèce ait changé de nom ou de code et que la page soit introuvable. Une fois sur le site, appuyez sur le bouton retour de votre téléphone pour revenir au formulaire.
Les photos prisent dans le formulaire seront visibles sur l’interface en ligne Redash.
Une fois la 1ère observation saisie, le formulaire vous demande » Ajouter un nouveau groupe ? » : » Ajouter une observation ? « , si vous cliquer sur » AJOUTER UN GROUPE « , vous pourrez ajoutez une espèce pour les mêmes coordonnées sans avoir besoin de retourner sur la carte. Si vous sélectionner » NE PAS AJOUTER » alors le questionnaire vous re-propose d’ajouter un groupe mais cette fois pour entrer une nouvelle localité.
Par exemple, vous observez 2 espèces sur un même site, vous pouvez sélectionner l’emplacement sur la carte, sélectionner la 1ere espèce puis ajouter une observation pour ajouter la 2nde espèce pour la même localité ; ensuite vous vous déplacez un peu plus loin et observez une 3ème espèce, vous pouvez alors ajouter une nouvelle localité pour ensuite ajouter un groupe « espèce » et saisir votre observation.
Rappel : si vous désirez supprimer un groupe créé par erreur, il vous faut rester appuyez sur une question de ce groupe et sélectionner : » Supprimer le groupe «
Mise à jour du formulaire : il est possible que nous mettions à jour le formulaire, par exemple pour reformuler une question ou en ajouter une nouvelle…
Si c’est le cas, cela sera signalé en vert dans la section « télécharger un formulaire vierge ». Vous pouvez paramétrer l’application pour qu’elle charge automatiquement les nouvelles versions des formulaires.
Vous connaissez maintenant le fonctionnement du formulaire « adhérent 2019 »
Vos données seront intégrées automatiquement à l’interface web « SICEN« , qui est l’interface utilisée par le CEN.
Le mode d’emploi de l’interface SICEN est disponible sur le site du CEN Centre-Val de Loire ici (ou en vidéos ici). Lors de votre première connexion, il vous faudra faire une demande de nouveau mot de passe. Vous recevrez alors un mail avec un mot de passe généré par l’application : http://cenlr.sicen.fr
Jean Baisez
juillet 2019
