Petit script fort utile, trouvé ici : https://gis.stackexchange.com/questions/22175/adding-field-with-filename-when-merging-shapefiles-with-ogr2ogr

!/usr/bin/bash
for f in *.shp
do
base=${f%.shp}
ogrinfo $f -sql "ALTER TABLE "$base" ADD COLUMN espece character(40)"
ogrinfo $f -dialect SQLite -sql "UPDATE "$base" SET espece = '$base'"
ogr2ogr -update -append merged.shp $f
done

Avril 2022 : L’outil de fusion de couches vecteur de QGIS le fait désormais. Peut-être le faisait-il déjà…